No sabía si "eras" o "eres" mi amigo?

Hola Mitcho 

Todas tus oraciones son absolutamente correctas, pero cada una tiene un matiz un poco diferente. En las frases que usan el presente indicativo:

No sabía si eres mi amigo.

Quería saber si eres mi amigo.

A pesar de usar el imperfecto en la cláusula principal (No sabía..., Quería...), el/la hablante está hablando de una situación presente, como si dijera (No sé..., Quiero saber...). Este uso es bastante común y el efecto de esto es algo así como "suavizar" la pregunta, hacerla menos directa. Esta es la primera interpretación a tener en cuenta. Si es así, el uso de "eres" en presente indicativo indica que el/la hablante espera una respuesta objetiva sobre una situación presente, algo que puede considerarse como un hecho verificable.

Por otro lado, en las frases que usan el imperfecto:

No sabía si eras mi amigo.

Quería saber si eras mi amigo.

aquí hay un matiz muy específico al usar el imperfecto en "eras". El/la hablante todavía se refiere a saber si es o no es su amigo en la actualidad, en el presente, pero este uso del imperfecto marca una especie de distancia emocional o incertidumbre con respecto a la relación actual. La persona podría estar cuestionando si la amistad sigue siendo válida o si lo ha sido alguna vez, pero sin la certeza o la inmediatez que implicaría el presente ("eres"). La forma imperfecta introduce una sensación de duda o reflexión prolongada.

Hay también otra posible interpretación de estas dos últimas oraciones, que es la interpretación más literal, refiriéndose al pasado tanto en la oración principal como en la subordinada:

No sabía si eras mi amigo = I didn't know if you were my friend (then, back in the past)

Quería saber si eras mi amigo = I wanted to know (in the past) if you were my friend (then) 

 

I hope this clarified it for you. 

Es una pregunta superinteresante. 

Un saludo

Inma